A América está cega para uma nova variante do vírus contagioso, alertam os cientistas

Sem um sistema robusto para identificar variações genéticas do coronavírus, os especialistas alertam que os Estados Unidos estão lamentavelmente mal equipados para rastrear um novo mutante perigoso, deixando as autoridades de saúde cegas enquanto tentam combater a grave ameaça.

A variante, que agora está surgindo na Grã-Bretanha e sobrecarregando seus hospitais com novos casos, é rara por enquanto nos Estados Unidos. Mas tem potencial para explodir nas próximas semanas, colocando nova pressão sobre os hospitais americanos, alguns dos quais já estão perto do ponto de ruptura.

Os Estados Unidos não têm um sistema nacional em grande escala para verificar os genomas do coronavírus em busca de novas mutações, incluindo aquelas carregadas pela nova variante. Cerca de 1,4 milhão de pessoas testam positivo para o vírus a cada semana, mas os pesquisadores estão apenas fazendo o sequenciamento do genoma, um método que pode detectar definitivamente a nova variante, em menos de 3.000 dessas amostras semanais. E esse trabalho é feito por um mosaico de laboratórios acadêmicos, estaduais e comerciais.

Cientistas dizem que um programa nacional de vigilância pode determinar o quão difundido é a nova variante e ajudar a conter os pontos quentes emergentes, estendendo a janela de tempo crucial em que as pessoas vulneráveis ​​em todo o país podem ser vacinadas. Isso custaria várias centenas de milhões de dólares ou mais. Embora possa parecer um preço alto, é uma pequena fração de os $ 16 bilhões em perdas econômicas que estima-se que os Estados Unidos sofreram devido à Covid-19.

“Precisamos de algum tipo de liderança”, disse o Dr. Charles Chiu, pesquisador da Universidade da Califórnia, em San Francisco, cuja equipe detectou alguns dos primeiros casos da nova variante na Califórnia. “Este tem de ser um sistema implementado a nível nacional. Sem esse tipo de suporte dedicado, isso simplesmente não acontecerá. “

Com esse sistema, as autoridades de saúde poderiam alertar o público nas áreas afetadas e instituir novas medidas para lidar com a variante, como usar máscaras melhores, rastrear contatos, fechar escolas ou temporárias, e fazê-lo o quanto antes. esperando até que uma nova onda inundasse os hospitais com pacientes.

A próxima administração Biden pode estar aberta à ideia. “O presidente eleito apóia um programa nacional de testes que pode ajudar a impedir a disseminação do COVID-19 e encontrar variantes”, disse T.J. Ducklo, porta-voz da transição. “Isso significa mais testes, maior capacidade laboratorial e sequenciamento do genoma. Isso é vital para controlar o COVID-19 e preparar os Estados Unidos para detectar e impedir futuras ameaças de doenças. “

Os especialistas apontam a Grã-Bretanha como um modelo do que os Estados Unidos podem fazer. Pesquisadores britânicos sequenciam o genoma, ou seja, o material genético completo de um coronavírus, de até 10% das novas amostras positivas. Mesmo que os EUA sequenciem apenas 1% dos genomas do país, ou cerca de 2.000 novas amostras por dia, isso lançaria uma luz brilhante sobre a nova variante, bem como outras variantes que podem surgir.

Mas os Estados Unidos estão bem abaixo dessa meta agora. No mês passado, os pesquisadores americanos sequenciaram apenas algumas centenas de genomas por dia, de acordo com GISAID, um banco de dados internacional onde pesquisadores compartilham novos genomas de coronavírus. E apenas alguns estados foram responsáveis ​​pela maior parte do esforço. A Califórnia lidera, com 8.896 genomas. Em Dakota do Norte, que teve mais de 93.500 casos até agora, os pesquisadores não sequenciaram um único genoma.

Em março, a Grã-Bretanha lançou o que muitos especialistas americanos desejam: um programa nacional bem administrado para rastrear mutações no novo coronavírus. O país investiu 20 milhões de libras, cerca de US $ 27 milhões, para criar um consórcio científico que recrutou hospitais em todo o país, dando-lhes procedimentos padrão para enviar amostras a laboratórios dedicados que sequenciariam seus vírus. Usando a computação em nuvem, os especialistas analisaram as mutações e descobriram onde cada linhagem de vírus se encaixa em uma árvore evolutiva.

“O que o Reino Unido fez com o sequenciamento é, para mim, o resultado final da pandemia”, disse Emma Hodcroft, epidemiologista molecular da Universidade de Berna, na Suíça, que ajudou a criar Nextstrain, um projeto baseado em Seattle para rastrear patógenos. “Eles decidiram que iriam fazer o sequenciamento e criaram um programa absolutamente incrível do zero.”

O programa intensivo da Grã-Bretanha para rastrear a evolução genética do coronavírus é provavelmente o motivo pelo qual se tornou o primeiro país a identificar a nova variante, conhecida como B.1.1.7, no mês passado. A Grã-Bretanha sequenciou 209.038 genomas de coronavírus até agora, quase dois terços de todos os genomas sequenciados no mundo. Os Estados Unidos, um país cinco vezes maior, sequenciou apenas 58.560 genomas.

Nos EUA, uma constelação de laboratórios, principalmente em universidades, tem analisado genomas de coronavírus desde a primavera. Muitos deles gastam seus próprios fundos modestos para fazer o trabalho. “Tudo se resume a esses movimentos de base para tirá-los do chão”, disse Kristian Andersen, virologista do Scripps Research Institute em San Diego, cujo laboratório está na vanguarda desses esforços.

O Dr. Andersen e outros cientistas abriram caminho para o coronavírus, que se espalhou pelo mundo e pelos Estados Unidos. Alguns dos primeiros casos nos Estados Unidos tiveram origem na China, o berço do novo coronavírus, mas eles eram viajantes da Europa que levou a maioria dos casos a muitas cidades americanas.

Mas depois desses sucessos iniciais, a detecção continuou apenas em pequena escala. “Certamente não levou a uma revolução na vigilância genômica”, disse Andersen.

Em maio, os Centros de Controle e Prevenção de Doenças reuniram dezenas de laboratórios dos Estados Unidos em um consórcio. É conhecido como consórcio de sequenciamento SARS-CoV-2 para resposta a emergências de saúde pública, epidemiologia e vigilância, ou ESFERAS.

Os cientistas envolvidos no SPHERES dizem que é um bom começo. “Ele forneceu uma rede realmente útil para cientistas, acadêmicos e pesquisadores se ajudarem nos Estados Unidos”, disse o Dr. Hodcroft. Os laboratórios que gostariam de se juntar ao esforço para sequenciar genomas de coronavírus poderiam obter conselhos de outros laboratórios, em vez de reinventar a roda da ciência.

Mas não é um programa nacional com mandato e recursos claros para garantir que as mutações sejam cuidadosamente controladas em todos os Estados Unidos. “Como país, precisamos de vigilância genômica”, disse Andersen. “Você precisa de um mandato federal.”

O C.D.C. recusou-se a disponibilizar aos cientistas que dirigem o SPHERES para uma entrevista. “CENTROS DE CONTROLE E PREVENÇÃO DE DOENÇAS. Está trabalhando com laboratórios estaduais de saúde pública, acadêmicos e comerciais para aumentar a capacidade de vigilância de cepas caseiras para sequenciar milhares de amostras a cada semana”, escreveu Brian Katzowitz, porta-voz da agência, é uma declaração.

Na quarta-feira, as empresas de sequenciamento de genes Helix e Illumina Anunciado uma colaboração para acompanhar o surgimento de B.1.1.7 com o apoio de C.D.C. As empresas estão sequenciando até 1.000 genomas por semana. Mas Karen Birmingham, porta-voz da Illumina, foi rápida em apontar que o programa piloto estava longe de ser um esforço nacional. “Acolhemos a vigilância genômica de uma forma muito mais abrangente e coordenada nos Estados Unidos”, disse ele.

O robusto sistema de vigilância genética da Grã-Bretanha permitiu aos cientistas entender melhor o quão perigosa é a nova variante. Um estudo sério a corrente Na segunda-feira, pesquisadores do consórcio de sequenciamento da Grã-Bretanha descobriram que o bloqueio do país em novembro fez um bom trabalho ao reduzir a transmissão de variantes comuns do coronavírus, mas não impediu a disseminação do B.1.1.7.

Os epidemiologistas medem a taxa de propagação de um vírus com algo chamado número reprodutivo. Se o número reprodutivo for 1, isso significa que cada pessoa infectada em média o transmite para outra pessoa. Uma epidemia crescente tem um número reprodutivo maior que 1, enquanto um decrescente é menor que 1. Pesquisadores britânicos estimaram que coronavírus diferentes de B.1.1.7 tiveram um número reprodutivo de 0,95 durante o confinamento, enquanto B.1.1. 7 teve um número reprodutivo de 1,45.

A velocidade com que B.1.1.7 se tornou mais comum sugere que ele tem algumas características biológicas que o tornam melhor disseminado de um hospedeiro para outro. Experimentos de laboratório mostraram que Algumas de suas mutações podem permitir que o vírus adira com mais sucesso às células nas vias aéreas..

Na segunda-feira, o governo britânico anunciou que o país vai entrar um bloqueio nacional ainda mais rígido do que em novembro. “Você não deve sair ou ficar fora de casa, exceto quando necessário”, disse o governo em um comunicado.

É muito cedo para saber como B.1.1.7 afetará a pandemia americana e, mais importante, se sobrecarregará os hospitais americanos e também os da Grã-Bretanha. A maioria das pessoas infectadas não passa o vírus para outras pessoas. Uma pequena fração das pessoas é responsável por grande parte de sua transmissão nos chamados eventos de superpropagação. Eles acabam no lugar certo na hora certa para infectar muitas pessoas de uma vez.

Se a nova variante seguir a mesma trajetória da Grã-Bretanha, entretanto, começará a superar as variantes mais comuns e menos contagiosas nas próximas semanas. “Ele pode se tornar o vírus dominante nos próximos meses”, disse Nathan Grubaugh, virologista da Universidade de Yale.

Porém, uma coisa é certa. Os profissionais de saúde pública não conseguirão interromper a variante a menos que possam vê-la. Dr. Grubaugh e outros cientistas estão criando testes personalizados para B.1.1.7. usando P.C.R., uma tecnologia rápida e barata que pode ser usada para testar qualquer variante do coronavírus.

Mas Grubaugh disse que seria muito melhor se os pesquisadores não tivessem que se esforçar para criar esses testes muito depois da chegada de uma nova variante perigosa aos Estados Unidos. “No geral, é apenas um curativo em nossa falta de vigilância genômica”, disse ele.

Um programa de vigilância nacional Seguir a evolução do coronavírus não só permitiria aos pesquisadores observar a disseminação de B.1.1.7., Mas também outras novas mutações potencialmente ainda mais perigosas emergindo em sua linhagem. As novas variantes podem ser ainda mais eficientes na infecção de células humanas ou, pior, podem evitar vacinas ou medicamentos antivirais.

“Só porque não o temos configurado, não significa que não podemos fazer isso”, disse Hodcroft. “Só temos que decidir realmente se isso é algo que queremos.”

Ele enfatizou que a única maneira de encontrar esses novos erros perigosos será ficar constantemente de olho neles. “Eles aparecem no primeiro dia, eles aparecem e dizem: ‘Ei, olhe para mim!’” Ele disse. “Demora um pouco para perceber isso. E demoramos mais se não estivermos olhando. “